Založiť cirkevnú školu v Bardejove začiatkom 90. rokov nebolo jednoduché. Po páde totalitného režimu mnohí túžili po vzdelávaní, ktoré by deťom poskytovalo nielen poznatky, ale aj duchovné hodnoty. Myšlienka cirkevnej školy sa stretla s veľkým nadšením rodičov a pedagógov, no zároveň aj s odporom, nedôverou a praktickými prekážkami.
Na Cirkevnú základnú školu sa prihlásilo 1145 detí, no rozhodnutím úradu bola škole pridelená stará budova (postavená v roku 1898) s kapacitou len 350 žiakov a vybavením určeným iba pre prvý stupeň. Nechýbali ani administratívne prieťahy a predsudky voči kresťanskej výchove.
Rodičia však nezostali len pri modlitbách. Viac než 200 z nich vycestovalo do Bratislavy demonštrovať, aby svedčili o svojej túžbe po kresťanskom vzdelávaní.
Vďaka vytrvalosti, spolupráci s duchovnými otcami, podpore farského spoločenstva a obetavosti učiteľov sa podarilo školu otvoriť – aj keď s týždňovým oneskorením. Dňa 8. septembra 1992 bola slávnostne otvorená CZŠ sv. Egídia.
Týmto dňom sa začala písať nová kapitola cirkevného školstva v Bardejove.
O otvorení novej CZŠ sv. Egídia v Bardejove boli uverejnené viaceré články vo farskom dvojtýždenníku Mozaika pod názvom „Otvárajú sa brány cirkevnej školy“: „8. September 1992 bol slávnostným dňom, dňom otvorenia CZŠ v Bardejove. Školský rok na CZŠ začal sa o 9.00 hod. sv. omšou, ktorú celebroval náš drahý otec biskup Mons. Alojz Tkáč za asistencie generálneho vikára Mons. Bernarda Bobera, vdp. dekana Pavla Chanátha, vdp. dekana Jozefa Jurka, ďalších kňazov bardejovského dekanátu a bohoslovcov. Z pozvaných hostí nás poctili svojou prítomnosťou riaditeľ Diecézneho školského úradu Pavol Macák a pani riaditeľky z dvoch CŠ z Košíc.”
V školskom roku 1992/1993 sa na CZŠ otvorilo 13 tried, 2 oddelenia školskej družiny, jeden školský klub. Pod správou školy je aj školská jedáleň s kuchyňou s 285 stravníkmi. Celkove školu navštevuje 383 žiakov, z toho v ročníkoch 1.-4. 136 žiakov a v 5.-8. ročníku 247 žiakov. V škole pôsobí 18 pedagogických pracovníkov, 4 externí učitelia, 4 kňazi a 2 rehoľné sestry, ktoré vyučujú náboženstvo.
O návštevu CZŠ je v meste a v okolí veľký záujem a pôvodne sa prihlásilo 1145 žiakov, z ktorých bolo prijatých len 383 žiakov. Z toho dôvodu je v triedach veľký počet žiakov – v priemere až 29,3 žiaka, zatiaľ čo v triedach na štátnych školách je priemerná naplnenosť 23 žiakov. Riaditeľka školy je Mgr. Eva Laktičová, zástupca riaditeľky je PhDr. Jozef Geffert.
Po úspešnom otvorení CZŠ sv. Egídia v roku 1992 sa cirkevné školstvo v Bardejove ďalej rozvíjalo. Už v roku 1993 vznikla druhá cirkevná škola – CZŠ sv. Jána Bosca.
CZŠ sv. Jána Bosca bola akousi kompenzáciou, náplasťou na nedostatočne uspokojený záujem rodičov o umiestnenie detí na cirkevnej škole.
CZŠ sv. Jána Bosca vznikla ako „osemtriedka“ v upravených priestoroch bývalej materskej školy v Bardejove na sídlisku Družba (Pod Papierňou) na okraji mesta, a tým sa začali rôzne nevýhody oproti ostatným štátnym školám v meste, dokonca aj oproti cirkevnej základnej škole v centre mesta.
Po zmene na pozícii riaditeľa PhDr. Jozefa Gefferta a nástupe Ing. Zuzany Druskovej do funkcie riaditeľky bolo v školskom roku 2002/2003 zriadené pri Základnej škole sv. Jána Bosca aj osemročné gymnázium.
Od 1. 1. 2004 sa tieto školy spojili do jedného subjektu Gymnázia a základnej školy sv. Jána Bosca. Od školského roku 2004/2005 sa riaditeľom školy stáva PaedDr. ThDr. Ing. František Gerčak, PhD.
Za účelom zladenia názvu školy s platnou legislatívou vznikla od 1. 1. 2005 Spojená škola sv. Jána Bosca. Keďže základná škola bola už niekoľko rokov v útlme a po presťahovaní sa školy do uvoľnených priestorov Strednej priemyselnej školy nedostatok priestorov pretrvával, Základná škola sv. Jána Bosca k 30. 6. 2006 zanikla a bola vyradená zo siete škôl a školských zariadení spolu so Spojenou školou. Škola bola nanovo do siete škôl a školských zariadení zaradená pod názvom Gymnázium sv. Jána Bosca, so sídlom Komenského 5 v Bardejove k 1. 7. 2006.
V nasledujúcich rokoch sa gymnázium rozšírilo aj o štvorročnú formu štúdia, čím sa otvorila možnosť katolíckeho vzdelávania aj pre deviatakov zo širšieho okolia.
Ďalším dôležitým krokom v rozvoji cirkevného školstva v Bardejove bolo založenie Cirkevnej základnej umeleckej školy sv. Jána Bosca v roku 2006. Jej prvým riaditeľom sa stal PhDr. Vincent Staríček.
Škola ponúkala odbory ako hudba, výtvarné umenie, tanec a literárno-dramatický odbor. Bola zároveň odpoveďou na potrebu zmysluplného a tvorivého napĺňania voľného času detí aj po vyučovaní – myšlienku, ktorú sa podarilo úspešne realizovať.
Priestory CZUŠ vznikli prestavbou časti budovy, ktorú gymnázium prenajímalo v areáli SPŠ v Bardejove. V školskom roku 2014/2015 CZUŠ začala zdieľať priestory spoločne s Cirkevnou základnou školou sv. Egídia.
K významnej organizačnej zmene došlo v roku 2013, keď vznikla Cirkevná spojená škola v Bardejove. Jej riaditeľom sa stal Mgr. Martin Šmilňák.
Toto spojenie prinieslo efektívnejšiu koordináciu výučby, zdieľanie priestorov a najmä upevnenie jednotného kresťanského ducha naprieč všetkými stupňami vzdelávania – od základného, cez gymnaziálne, až po umelecké odbory.
Cirkevná spojená škola tak dnes ponúka komplexné vzdelanie pre žiakov rôzneho veku a zamerania, pričom zostáva verná svojmu poslaniu – vychovávať deti a mládež v duchu evanjelia, ako po tom túžili rodičia, pedagógovia i kňazi pri jej zakladaní.
V školskom roku 2015/2016 začalo Gymnázium sv. Jána Bosca ponúkať päťročné bilingválne štúdium. Postupne sa ukončila výučba v štvorročnom odbore, pričom posledná trieda v tejto forme štúdia maturovala v školskom roku 2017/2018.
